MC28型（1994〜99年式）
NSR的最終款正是第5代的MC28，MC28推出時正值熱門車款轉變成街車車款的時代。而MC28的特點在於，雖然騎乘性能幾乎承襲了MC21，不過也投入了各種全新的未來技術。
MC28不同於MC21的主要變更點如下：
- 採用單搖臂「Pro-Arm」
- 使用PGM卡式鑰匙系統
- 新型前叉及煞車卡鉗
- 改良外型的油箱及前/後車身整流罩
- 採用數位式時速表（轉速表仍為指針式）
NSR250R MC28型
首先，MC28的最大特色正是單搖臂「Pro-Arm」，這是VFR400R（NC24／30）和VFR750R（RC30）等車款已經採用的結構。也因為具有絕佳的帥氣外型，因此MC21以前的NSR改裝單搖臂已經是車主必備的改裝手法。不過，會有如此改變，其實背後有著MC21的海鷗式搖臂與YAMAHA的專利相抵觸，所以不得不變更搖臂的秘辛。
此外，MC28也採用世界首創的卡式鑰匙系統，這是以電磁卡式鑰匙取代一般鑰匙的新技術。卡式鑰匙具有改變點火時機等控制引擎的功能，所以如果使用HRC販售的競賽用卡式鑰匙的話，輕鬆就能夠提升引擎性能。例如，MC21之前的解限速都必須經由改裝達成，而MC28只要把HRC的卡式鑰匙插入就可以了（由於HRC卡式鑰匙設計專為封閉賽道使用，所以使用HRC鑰匙時的時速表就不會動，也無法在一般道路上騎乘）。
劉德華主演的電影：烈火戰車，就是HONDA NSR250R MC28。
奢侈地投入以上這些未來技術的MC28，卻因為自主規範的緣故，將輸出馬力從45ps減少至40ps，變速箱整體的齒比也縮短，最高時速也限定在180km/h左右。這也就是說，如果想要把MC28改裝成如同MC21規格的話，就必須要對口徑較小的膨脹室進行加工（一般是更換成改裝用膨脹室），變速箱也要更換成MC21用的規格、點火類配備也要進行細微的調整（最理想的做法是直接使用HRC卡式鑰匙）等等，必須進行許多改裝調整，所以在MC28自主規制的枷鎖下，造成想要提高潛在性能就得多花費一些工夫。
MC28的卡式鑰匙。把卡式鑰匙插入儀表板下的插槽就能啟動車子；油箱蓋則要利用內藏在卡式鑰匙裡的一般鑰匙進行開關（卡式鑰匙左上的三角部分）。
話雖如此，挾著Rothmans（1994年式SP）和Repsol（1996年式SP）的人氣塗裝，以及單搖臂的帥氣設計，依舊有許多車迷爭相模仿，加上配備新款的化油器、PGM裝置也進化到第4代等，使得引擎變得更好操控。另外，縮短25mm的油箱、加寬的坐墊以及稍微往前調的腳踏等，打造出舒適的騎乘姿勢，前側煞車卡鉗也採用新設計…等，連細部裝備都達到成熟完備及高級化，因此MC28可以說是與最終款一名相符的NSR。由於MC28是在仿賽車款熱潮後登場的車款，因此生產台數也設定在略少的6000台，不過從目前在日本仍有5000多台登記使用的現況來說，不難看出MC28的車主們相當珍視MC28的傾向。
NSR的兩大人氣贊助商塗裝-Rothmans和Repsol，這也是MC28的特色之一。尤其是Repsol塗裝版，採用的是和近年以橘色為主色不同的藍色主色（HONDA的正式名稱為Helles亮澤藍）十分美形，堪稱是歷代NSR中最具質感的塗裝。
