2004年 四代YZF-R1 998cc 172HP
第四代R1 是首次大改款,馬力重量比達到1:1,172ps 對上172kg 的乾重,外形上也有了明顯變化,採用四頭燈雙鷹眼設計,提高車頭的識別度,排氣管也由側邊改為車尾下方雙排氣管的配置,這樣的外形概念成為R1 元素一直維持到2014年。
新的引擎改變縮短活塞行程,缸徑與行程為77 x 53.6 mm,以獲得更高的可用轉速,比起前代R1 紅線轉速提升2,000轉。同時也首次搭載Ram Air 進氣以及雙節流閥設計,第二節流閥由電腦控制驅動,進一步提高馬力。
引擎本身的壓縮比也提高至12.4:1 之外,汽缸與曲軸箱的夾角也增加到40度,讓引擎更加前傾,讓車架的雙翼樑在後端能收的更直也更窄,讓車架寬度減少64mm,幾乎與油箱差不多,帶來更好的騎乘感受,並能有效抑制前輪浮舉的情況。另外由於引擎缸頭位於車架下方,新的車架也具有更好的強度,因此第四代R1 的引擎不再是車架受力的一部份,讓引擎汽缸與曲軸箱可以採用螺絲固定,成為兩個獨立零件,而不是一體式的設計。
其他設計也受到MotoGP 技術的影響,包括使用倒掛桁架式的後搖臂設計、輻射卡鉗以及原廠搭載防甩頭,結合車架的改變,第四代R1 能有效的抑制急加速或急減速產生的車體晃動。
2006年 四代半YZF-R1 998cc 175HP
這代R1 是以第四代R1 更加精進而來,在外型上幾乎一樣,但改以更短的進氣導管,提昇高轉速性能,將馬力提升到175HP。車架底盤則做了較多的微調,改善運動性,包括後搖臂加長20mm 提高後輪循跡性,並增加前半部1% 的比重。由於整體來說可以說是四代R1 的改良版,因此在歐洲來說仍屬是第四代,以日本來說,則是車體部份有所變動即是下代車款,因此日本稱為第五代R1,在這小編則認為只是些許的小改款,就以四代半去稱呼這代R1。
2006年也正逢YAMAHA Motor 創廠50週年,特別以第五代R1 為基礎,推出兩款特殊車,分別是50週年黃色經典配色的YZF-R1 以及性能強化版的YZF-R1 SP。50週年版與一般版大至相同,僅僅是特殊配色與專屬銘牌,而SP 版則是在操控性能的全面提升。
YZF-R1 SP 為限量車款,在北美稱為YZF-R1 LE(Limit Editon),北美與歐洲配額各500輛,以及其他市場330輛,共1,330輛。原廠即搭配滑動式離合器、可調座高的Ohlins 後懸吊、Ohlins 倒叉以及比原廠輪框輕400g 的Marchesini 鍛造鋁框,其中懸吊系統與肯尼王車隊的M1 相同。車架與Case 也採用不同於標準版的表面處理,突顯SP 版的獨特性。